La mitilicultura en Los Lagos: motor exportador bajo presión

La mitilicultura en la Región de Los Lagos atraviesa uno de sus momentos más complejos y, paradójicamente, más prometedores en lo que va de 2025. Con más de 1.200 centros de cultivo de mejillón (Mytilus chilensis) concentrados principalmente en las provincias de Chiloé y Llanquihue, este sector genera aproximadamente 18.000 empleos directos e indirectos en la región, según cifras actualizadas del Servicio Nacional de Pesca y Acuicultura (SERNAPESCA) a enero de 2025. Sin embargo, la combinación de episodios recurrentes de marea roja, alzas en los costos operacionales y la creciente exigencia de los mercados europeos están redefiniendo las reglas del juego para productores grandes y pequeños por igual.

Marea roja 2024-2025: impacto real en la producción regional

El invierno de 2024 dejó una huella profunda en la industria. Entre junio y septiembre de ese año, la presencia de Alexandrium catenella —el principal microorganismo responsable del Veneno Paralítico de los Mariscos (VPM)— obligó a la Autoridad Sanitaria a mantener vedas en más del 60% de las áreas de extracción habilitadas en el archipiélago de Chiloé, de acuerdo con los registros del Instituto de Fomento Pesquero (IFOP). El impacto económico estimado para los mitilicultores de la región superó los 12 millones de dólares en pérdidas de producción durante ese período.

Lo que hace especialmente crítico este escenario es su carácter estructural. Los expertos del Centro I-Mar de la Universidad de Los Lagos, con sede en Puerto Montt, advierten que los ciclos de floraciones de algas nocivas se están intensificando en frecuencia e intensidad, vinculados directamente al aumento de la temperatura superficial del mar en los canales interiores de Los Lagos. Esta realidad obliga a repensar los modelos productivos tradicionales.

Monitoreo y tecnología como respuesta al riesgo sanitario

Frente a este panorama, algunas empresas del sector han comenzado a invertir en sistemas de monitoreo en tiempo real de la calidad del agua. Startups regionales como las que han recibido financiamiento a través del programa CORFO Semilla están desarrollando soluciones de sensorización IoT para detectar anticipadamente floraciones algales, reduciendo el tiempo de respuesta de semanas a horas. Esta innovación, aunque todavía en etapa de escalamiento, representa una oportunidad concreta para que los productores medianos accedan a información que antes solo estaba disponible para las grandes empresas integradas.

Exportaciones de mejillón: señales mixtas desde los mercados

A pesar de las dificultades sanitarias, las exportaciones de mejillón chileno cerraron 2024 con envíos que superaron las 95.000 toneladas en peso neto, consolidando a Chile —y específicamente a Los Lagos— como el segundo exportador mundial de mejillón detrás de Nueva Zelanda, según datos de ProChile publicados en febrero de 2025. España, Francia y Estados Unidos se mantienen como los principales destinos, aunque con una tendencia creciente hacia mercados asiáticos como Japón y Corea del Sur.

Sin embargo, el precio promedio de exportación del mejillón congelado registró una caída del 8% en el segundo semestre de 2024 respecto al mismo período del año anterior, presionado por la competencia de productores españoles y neozelandeses que han avanzado más rápido en certificaciones de sostenibilidad como el estándar ASC (Aquaculture Stewardship Council). Aquí reside uno de los nudos críticos para la competitividad de Los Lagos: de los más de 600 productores independientes de la región, menos del 15% cuenta hoy con algún tipo de certificación ambiental reconocida internacionalmente.

El desafío de la certificación y la trazabilidad en Los Lagos

La exigencia de trazabilidad completa —desde la semilla hasta la mesa del consumidor europeo— se ha convertido en una barrera de entrada cada vez más relevante. El nuevo Reglamento de la Unión Europea sobre productos acuícolas (EC 2024/1987), que entra en vigencia progresiva durante 2025 y 2026, exige documentación verificable sobre el origen, las condiciones de cultivo y el impacto ambiental de cada lote exportado. Para los pequeños y medianos mitilicultores de Chiloé, muchos de ellos organizados en sindicatos y asociaciones gremiales con escaso acceso a asesoría técnica, este requerimiento puede convertirse en una amenaza de exclusión del mercado europeo.

Desde SalmonChile y la Asociación de Mitilicultores de Chile (AmiChile) se están articulando programas de acompañamiento, pero los propios dirigentes del sector reconocen que el ritmo de adopción es insuficiente frente al calendario regulatorio europeo. INDAP, a través de su línea de Asesoría Técnica para acuicultura de pequeña escala, ha incrementado su cobertura en la provincia de Chiloé durante 2025, llegando a más de 280 productores con apoyo en gestión y requisitos de exportación, pero la brecha sigue siendo amplia.

Innovación y futuro: ¿qué viene para la mitilicultura regional?

Más allá de los desafíos inmediatos, el sector está generando señales genuinas de transformación. La Universidad Austral de Chile, a través de su Facultad de Ciencias, lidera junto al Centro I-Mar de la Universidad de Los Lagos un proyecto de investigación aplicada —financiado parcialmente por el Fondo Nacional de Desarrollo Científico y Tecnológico (FONDECYT)— orientado a desarrollar variedades de Mytilus chilensis con mayor tolerancia a las variaciones de temperatura y salinidad que provoca el cambio climático en los fiordos del sur de Chile.

Paralelamente, la adopción de sistemas de cultivo en profundidad (long-line de doble piso) está permitiendo a algunos productores de Calbuco y Dalcahue reducir la exposición superficial de sus cosechas durante los episodios de marea roja, manteniendo parte de la producción activa y reduciendo las pérdidas económicas. Esta tecnología, ya probada en Nueva Zelanda y España, comienza a escalar regionalmente con el apoyo de proyectos demostrativos financiados por el Fondo de Inversión Estratégica (FIE) de CORFO.

Conclusión: Los Lagos ante una ventana de oportunidad que no se puede desaprovechar

La mitilicultura es, junto a la salmonicultura, el pilar acuícola más importante de la Región de Los Lagos. Su futuro no está en riesgo, pero sí está condicionado a decisiones urgentes: acelerar la certificación ambiental de la base productiva, invertir en sistemas de monitoreo y alerta temprana, y fortalecer la capacidad técnica de los productores más pequeños para que no queden excluidos de los mercados de mayor valor. La región tiene los recursos naturales, la base productiva y la masa crítica de conocimiento institucional para dar ese salto. La pregunta es si los actores públicos, privados y académicos serán capaces de coordinarse con la velocidad que el mercado internacional está exigiendo.

• ¿Está tu empresa o unidad productiva preparada para cumplir con los nuevos requerimientos de trazabilidad de la Unión Europea antes de 2026?
• ¿Conoces los programas de CORFO e INDAP disponibles en 2025 para financiar certificaciones ambientales en acuicultura de pequeña y mediana escala en Los Lagos?
• ¿Cuánto está invirtiendo tu organización en tecnología de monitoreo de calidad del agua frente a los ciclos crecientes de marea roja?
• ¿Tu empresa ha explorado mercados alternativos en Asia como complemento a la dependencia del mercado europeo?
• ¿Estás participando en alguna red gremial o programa de I+D con universidades regionales para enfrentar el impacto del cambio climático en la producción mitilícola?